ССМ представляет собой систему магнитных стержней на основе мощных магнитов из редкоземельного сплава, вставляющуюся в корпус, выполненный в виде элемента самотечного трубопровода. Корпус сепаратора по требованию заказчика может быть герметичным, а вход и выход продукта могут быть выполнены в виде присоединительных фланцев.
Поток обрабатываемого материала, проходя сквозь сепаратор, попадает в мощное магнитное поле, под действием которого ферромагнитные включения задерживаются на поверхности стержней, а немагнитный сепарированный продукт двигается дальше.
В зависимости от исполнения очистка ССМ может производиться ручным (щётки, ветошь), механизированным (извлекающиеся стержни) и автоматическим (пневмопривод) способом.